Бұл республикадағы 1976 жылы ұйымдастырылған ең жас қорық. Бұл қорықты ұйымдастырудағы негізгі мақсат- сирек кездесетін бағалы аңдарды, құстарды, өсімдіктерді, балықтарды қорғау; орман мен айдын көлдерін,тау өзендерін және әсем табиғатты табиғи қалыпта сақтау.
Марқакөл Алтайдың Азу мен Күршім жоталарының аралығындағы терең ойпатты алып жатыр.
Ол теңіз деңгейінен 1485 метр биіктікте орналасқан. Марқакөл көлі- көптеген елдерге әйгілі. Көлге айналасындағы тау жоталарынан ірілі-ұсақты 27 өзен құйса, одан жалғыз ғана Қалжыр өзені ағып шығады. Көлдің оңтүстік жағалауы жарқабақты, солтүстігі-аласа, ұзындығы 38 метр, ені 19 километрге созылады.
Марқакөл көлінде балықтың негізгі төрт түрі кездеседі. Солардың бірі-майқан немесе қаяз балық. Көлемі 46-70см келетін бытырап жүріп тіршілік ететін балық, хариус өте бағалы ,еті дәмді тұщы су балығы.
Көл жағасынан тауға қарай қайың, көктерек пен теректер өседі. Қыраттарында майқарағай мен шырша,самырсын,сібір қарағайы. Сібір қарағайының жаңғағы-ормандағы жан-жануарлардың тіршілік арқауы.
Марқакөл қорығындағы тағы бір шипалы өсімдік-алтын тамыр, марал тамыр деген шөптесін өсімдік. Бұл өсімдіктің шипалық мәнін Қытай медицинасы ерте заманнан біліп,осы күнге дейін пайдаланып келеді.
Қорық аң-құс түрлеріне өте бай. Онда сүт қоректілердің 40, құстардың 200 ден аса түрі мекен етеді. Ормандарында аю, түлкі, қасқыр, борсық, қоян, марал, тиын, құндыз, бұлғын құр көптеп кездеседі. "Қызыл кітапқа " енген қар барысы, қызыл қасқыр, жабайы мысық, сілеусін. Қос мекенділердің үш, бауырымен жорғалаушылардың алты түрі таралған. Көлде аққу бар.
Қазіргі таңда мөлдір сулы Марқакөл көлі ластанудан зардап шегуде. Қорық маңайын қорғау, қорық алабын кеңейту, халықтың экологиялық мәлениетін көтеру мәселелері өзекті орын алып отыр.
Біз табиғат қорғаушылардың үн қатуын және жәрдемдік қолдауын күтеміз.
Марқакөл ғасырлар бойы жасай береді,өйткені ол қорыққа айналған, яғни ол біздің келер ұрпақтарға аманат етіп қалдырар асыл мұрамыз.
Біз оны көздің қарашығындай сақтауымыз керек.