Шакарим - продолжатель философских традиций Абая, владел как восточной, так и западной философской культурой, был одним из немногих толкователей Корана. Писал трактаты по философии, истории, религии. 

Его трактат «Родословная тюрков, киргизов, казахов, ханов» изданный в 1911 году в Оренбурге – оригинальный труд об этнической истории образования казахского народа и ряда тюрских племен.

 «Родословная» – историко-научное произведение, где впервые для того времени по определенному научному принципу систематизирован огромный фактический материал об этногенезе казахского народа, о связях различных племен и родов, о некоторых исторических событиях. 

В труде «Мусульманство», вышедший в 1912 году, своеобразно сочетается религиозное и светское прочтение Корана с целью использования его канонов для нравственных, просветительских идей. Шакарим по-своему воспринимает и трактует Коран и его понимание носит больше просветительский характер. Он считал, что священная книга предназначена для самоочищения, самовозвышения и воспитания людей, и каждый получает возможность нравственного возрождения. 

Шакарим изучал произведения Льва Николаевича  Толстого, придерживался многих его философских взглядов, верен был основному кредо своего учителя - «Нельзя на зло отвечать злом, ибо это ожесточает людей». Твердо верил в справедливость. 

Результатом его 30-летней работы является уникальный философский труд «Ұш анық» («Три истины»), где он разработал оригинальную концепцию человеческого бытия. В гармонии и благоденствии общества Шакарим видел путь к Нравственности, к Человечности, к Совести с большой буквы: «Основой для хорошей жизни человека должны стать честный труд, совестливый разум, искреннее сердце. Вот три качества, которые должны властвовать над всем. Без них не обрести в жизни мира и согласия». К философской лирике и трактатам Шакарима подвели философские мысли западных философов - как Платон, Демокрит, Камиль, Герберт Спенсер и многие другие.