Маркакольский заповедник - один из уникальнейших уголков природы Восточного Казахстана. Драгоценным голубым аквамарином в золотисто-зеленой оправе из горных цепей выглядит озеро Маркаколь в ясную летнюю пору. По редкостной красоте и ценности обитающей здесь рыбы
Маркаколь - настоящая драгоценность не только области, но и республики. В озеро впадает 27 речек, а вытекает одна - порожистый,с бесчисленными водопадами Кальджир. Озеро расположено во впадине, ограниченной с севера Курчумским хребтом высотой более 3000 метров над уровнем моря и с юга - хребтом Азутау (2385 м.).Длина озера - 38 км., ширина - 19 км., глубина - 27 м. Вода пресная, очень мягкая, с минерализацией 0,1 грамма на литр. Главное богатство озера - рыба ленок, или ускуч из семейства лососевых (масса от 3 до 8 кг.). Озеро Маркаколь - единственное в Казахстане место обитания этой рыбы. В заповедную зону входит 96 % озера. Входящие в зону лесные массивы вместе с озером - прекрасное место отдыха и туризма.
Живописные, местами скалистые уступы гор покрыты преимущественно лиственничным лесом, реже - пихтовым. Ближе к лугам и речкам растут рябины, сибирские ели, березы, осины, тополя, ивы; из кустарников - таволга, черемуха, жимолость, шиповник, малина, красная и черная смородина.
Субальпийские луга богаты цветами, редкими лекарственными растениями (золотой и маралий корень, прутьевидный копеечник, бадан толстолистный и другие).
Аромат разнотравья лугов с обилием медоносов создает благоприятные условия для пчеловодства. Богат и разнообразен животный мир заповедника. Лес населяют бурый медведь, лось, лиса, заяц, рысь, марал, белка, росомаха, соболь, косуля, горностай. Из птиц обитают сокол, серебристая чайка, тетерев, глухарь, утки, бекасы, куропатки, рябчики.
Встречаются занесенные в "Красную книгу" снежный барс, красный волк, улар, черный аист, скопа, орлан-белохвост.
Основными задачами заповедника являются сохранение живописного ландшафта в его естественном состоянии как эталона алтайской природы; изучение растительного и животного мира; создание соответствующих условий для восстановления численности многих видов редких и исчезающих животных и растений.