В 1886 году переселенцы из деревни Пруггерн, находящейся в Австрии, приехали на Кавказ, где основали колонию Гнаденбург. В 1902 году трудности подтолкнули их к поиску нового места жительства. Они переехали в Александровскую волость Змеиногорский уезд Томской губернии (в настоящее время Шемонаихинский район, Восточно-Казахстанская область). В 1907 году братья Пруггер у горного инженера Отто Кенига купили дом и скотный двор вблизи с. Сугатовка. К братьям Пруггер присоединилась семья Адама Бахмана. Три многодетные семьи образовали небольшую заимку, получившую название Пруггерхоф, в дальнейшем Пруггерово.
С приездом других переселенцев заимка постепенно переросла в село. Основное занятие поселенцев было земледелие, рыбоводство. В период первой мировой войны в село прибыли немецкие и австрийские военнопленные, оставшиеся там жить. В 1924 году благодаря поселенцу Андрею Ландель в Пруггерово была открыта первая в регионе четырехклассная немецкая школа.
В 20-е годы в период коллективизации в с. Пруггерово был образован колхоз им. К. Либкнехта. В 1930 году на коллективные деньги был куплен первый трактор Фордзон. Неимоверными усилиями и трудолюбием после голода 1932-1934 года колхоз вошел в число образцовых хозяйств района и области и представлял Шемонаихинский район на первой Всесоюзной сельскохозяйственной выставке в г. Москва в 1939 году. По результатам выставки за успехи в области животноводства был награжден дипломом 1-й степени, премией в 10 тысяч публей и легковым автомобилем. Труд колхозников был отмечен установкой первого в районе памятника В.И. Ленину.
В середине пятидесятых годов село Пруггерово вошло в состав колхоза им. В.И. Ленина, Шемонайхинского района, как бригада № 3.
В Пруггерово все население было немецким, и немцы бережно хранили язык, обычаи и свой менталитет. Вместе с празднованием Рождества, Пасхи с традиционными немецкими блюдами, праздновались и советские праздники.
В первой половине 50-х годов в Пруггерово провели электричество, позднее был построен сельский клуб со стационарной киноаппаратурой, радиоузлом и библиотекой. Также был открыт медицинский здравпункт.
В 1990-е годы после возвращения на историческую родину в Германию, в исконно немецких селах Пруггерово, Кенюхово и Горкуново не осталось ни одной немецкой семьи. Через некоторое время из Германии вернулась одна семья Гальт.
C 8 октября 1996 года село Пруггерово входит в состав крестьянского хозяйства «Камышинское».